Einfach ignorieren. Die Meldung stimmt anscheinend nicht. Es ist wahrscheinlich ein Problem von Yum oder Python, nicht nur bei OS/2.
Nur durch Neuinstallation (alle Tipps aus dem Netz hatten nichts gebracht) hatte ich die Meldung wegbekommen. Mit Yum ist sie jetzt zwar weg, aber bei Aufruf eines Python-Skripts aus dem noch nicht veröffentlichten Yumie heraus erscheint sie doch wieder.
Ich hab bei OS2world auch etwas zu RPM und Yum geschrieben. Das war zwar eine anderes Problem, aber die beschriebenen Reparaturfunktionen könntest Du mal alle testen. Hier haben sie nichts gebracht.